Este museo, construido sobre la pérdida y la recuperación de la memoria, contiene la colección arqueológica más representativa de la cultura Muisca a nivel nacional, además de ser un lugar privilegiado donde se exhibe el patrimonio como legitimación metafísica del ser nacional.
Desde 1942 y luego de largas y pacientes excavaciones, el arqueólogo Eliécer Silva Celis logró ubicar en la vereda Monquirá al oriente de Sogamoso, cuatro necrópolis correspondientes al antiguo asentamiento de Suamox (la morada del Sol en lengua Chibcha) en donde identificó numerosos emplazamientos de bohíos, más de cuatrocientos veinticuatro enterramientos humanos con ajuares funerarios compuestos por numerosos vestigios, artefactos e instrumentos arqueológicos. Estos hallazgos fueron particularmente significativos por su novedad en la región y su aporte para la interpretación de la cosmovisión de los Muiscas, lo que condujo a Silva Celis a proyectar la creación de un Parque Arqueológico Nacional y un Museo único en Colombia. Basado en documentos históricos, etnográficos y en las evidencias de excavaciones arqueológicas el investigador Silva Celis reconstruyó el máximo centro de poder espiritual de los ancestros muiscas, el Templo del Sol incendiado por dos soldados Hispanos al mando de Gonzalo Jiménez de Quesada a finales de agosto de 1537.
