La UPTC reconoce, como instituciones antecesoras, a la Universidad Pedagógica de Colombia, la Escuela Normal Universitaria de Colombia, la Escuela Normal Superior de Colombia, la Facultad de Ciencias de la Educación de Tunja, el curso suplementario de especialización para profesores de Educación que surgió en la Escuela Normal de Tunja en 1928, la Escuela Normal de Varones, fundada en 1872 y la Universidad de Boyacá, fundada por el Decreto del 30 de mayo de 1827,sección VI, de la Constitución de la República de Tunja, de 1811.
La Facultad de Educación fue creada mediante Decreto Número 1379, del 5 de julio de 1934, firmado por el presidente Enrique Olaya Herrera. En dicho decreto se establecía que la Escuela Normal de Tunja se adscribía a la Universidad Nacional, transformándose en Facultad de Ciencias de la Educación, y como antecedente en la Universidad de Boyacá, creada en 1827, y precedida por la Normal de Varones de Tunja de 1872. Dos años después, en 1936, se transforma en la Escuela Normal Superior de Colombia con sede en Bogotá. Y, para el año de 1951, el gobierno nacional la conforma como Normal Universitaria para varones con sede en Tunja. Consecuentemente, a partir de1953, esta Normal Universitaria, y en base a la expedición del Decreto 2655, se crea, finalmente, la Universidad Pedagógica de Colombia, integrada por cinco facultades. No será hasta el año 1963, mediante Decreto 3291, que se establece la nueva razón social de dicha universidad, con el nombre de Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia; siendo la Facultad de Ciencias de la Educación, junto con las facultades de Agronomía y de Ingeniería, las tres unidades que la estructuraron.
A partir de los años 70, con la creación de las Maestrías en Historia y Lingüística Hispánica, se inicia la formación Posgraduada en la Facultad de Ciencias de la Educación. La cual fue ampliada gracias a la suscripción de un convenio con el Instituto Geográfico Agustín Codazzi; dando inicio así, a la Maestría en Geografía (1981).
El nivel de Doctorado comienza en la Facultad de Ciencias de la Educación en el año de 1998, mediante la creación del Doctorado en Ciencias de la Educación, soportado por la red de universidades RUDECOLOMBIA.
Desde los años 90, y con la creación del Programa de Escuelas Normales, la Facultad de Ciencias de la Educación ha promovido un intercambio de saberes y experiencias con estas Instituciones; fortaleciendo las oportunidades de formación de maestros de varias regiones del País.
A lo largo de las últimas décadas, y con la intención de superar los retos que ha supuesto implementar rutas de aprendizaje en contextos demandantes de equidad y acceso a la información, la Facultad de Ciencias de la Educación se ha sometido a transformaciones vinculadas a la actualización de procesos que intervienen en la formación docente. De esta manera, la Facultad ha experimentado un crecimiento significativo, con la creación de programas de posgrado, Maestrías y Doctorados, así como ha ofrecido la expansión de programas de pregrado, y la ampliación de ofertas académicas en las que se han visto involucradas modalidades de recursos virtuales. En esta dinámica, el trabajo editorial ha sobresalido de forma significativa, y las revistas y publicación de libros dan cuenta del avance del conocimiento.