Para la creación de la Facultad de Ciencias se tuvo como referente las licenciaturas que manejaba la División de Ciencias de la Facultad de Educación, las cuales formaban licenciados en matemáticas y física, física y matemáticas, Biología y Química, Química y Biología, estas licenciaturas tenían un área mayor y un área menor.
Con la aplicación de la Ley 30 de 1992 y Ley 115 de febrero 8 de 1994 por la cual se expide la ley general de educación, la Facultad de Ciencias traslada los estudiantes de las Licenciaturas a la Facultad de Educación y al quedar la facultad sin estudiantes y con profesores prestando servicios, emprende el reto de crear nuevos programas de pregrado, iniciando con los programas de pregrado en Biología (Acuerdo 024 de 1994), Física (Acuerdo 071 de 1994), y Química de Alimentos (Acuerdo 023 de 1994). En el año 2001, mediante el Acuerdo 058 del 2001 por el cual se corrige y aclara el Acuerdo 038 de 2001 que reglamentó la estructura orgánica de la UPTC, en su artículo primero, se confirma el nombre de Facultad de Ciencias y no de Ciencias Básicas.
Con el relevo generacional de los profesores que trabajaban en la formación de los licenciados en las áreas de Ciencias, se empiezan a nombrar profesores de planta con fines de formar los nuevos profesionales en las distintas áreas de las Ciencias.
La Escuela de Matemáticas crea su programa en el año 2005 (Acuerdo 060 de 2005) y la escuela de Química cambia de denominación su programa de Química de alimentos a Química en el año 2009 (Acuerdo 024 de 2009). Cabe mencionar que los cuatro programas de pregrado de la Facultad de Ciencias que actualmente existen (Biología, Química, Física y Matemáticas) cuentan actualmente con registros calificados vigentes y tienen otorgada la acreditación de alta calidad por parte del MEN.
La Facultad de Ciencias inició un proceso de formación de especialistas y magísteres con la creación en el año 2007 de la Maestría en Ciencias Biológicas mediante el Acuerdo 082 de 2007, la cual inicia su primera cohorte en el segundo semestre del año 2010. Luego se crea la Especialización en Seguridad y Calidad Alimentaria mediante el Acuerdo 070 de 2010, la cual ha beneficiado a muchas empresas del sector productivo del país.
Con el apoyo de los profesores con doctorado se inicia en el año 2011 la creación de los programas de Maestría en Química con el Acuerdo 009 de 2011 y la Maestría en Ciencias - Física con el Acuerdo 010 de 2011, las cuales inician las primeras cohortes en agosto del 2011. Posteriormente, en el año 2014 mediante el Acuerdo 020 de 2014 se inicia el programa de Maestría en Ciencias Matemáticas.
Dado el avance de las ciencias en el país y en el mundo, la Facultad crea los doctorados en Ciencias Químicas mediante el Acuerdo 007 de 2014, Doctorado en Ciencias Física mediante el Acuerdo 051 del 2014 y el Doctorado en Ciencias Biológicas y Ambientales mediante el Acuerdo 050 de 2014. Recientemente, el Doctorado en Ciencias Matemáticas fue creado mediante el Acuerdo 097 de 2018, y aprobado por el MEN en el año 2020 mediante Resolución MEN 007911 de 2020.
Cabe mencionar, que los posgrados de la Facultad de Ciencias han permitido que los egresados de los pregrados de Ciencias y áreas afines de la UPTC continúen su formación a nivel de especialización, maestría y doctorado, de igual manera ha acogido estudiantes provenientes de otras instituciones universitarias de la región y el país.
A través de la trayectoria de los programas de posgrado, se han llevado a cabo procedimientos para la autoevaluación continua de los logros alcanzados, con miras a su mejoramiento continuo, prueba de ello es el otorgamiento por 8 años de la acreditación de alta calidad del programa de Maestría en Química mediante Resolución MEN 021346 de 2020, el cual ha estado activo desde el año 2011. Siguiendo este derrotero, actualmente, los programas de Maestría en Ciencias Física y Maestría en Ciencias Biológicas se encuentran en la fase de evaluación del informe de autoevaluación con fines de acreditación de alta calidad por parte del MEN.
Con esta trayectoria que ha tenido la Facultad de Ciencias en su corta vida, se han vinculado en los últimos años docentes de planta con formación doctoral, de tal manera que a corte 2023-2, de los 73 profesores de planta de la Facultad, 56 ostentan el nivel de Doctorado. De igual manera, la Facultad ha vinculado 76 profesores ocasionales, de los cuales 33 tienen título de Doctor.
La Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia ha hecho esfuerzos para capacitar permanentemente a sus docentes a nivel doctoral y posdoctoral, con el fin de apoyar las labores de docencia investigación y extensión a un alto nivel. Esta perspectiva ha permitido que a través de los últimos años los docentes de la Facultad de Ciencias desarrollen su actividad a nivel de pregrado, especialización, maestría y doctorado, amparados en los grupos de investigación a los cuales están vinculados y categorizados por el Min Ciencias.
